苗木から真実を聞かされた宗方は、自分以外で唯一この建物の機械設備に手を加える権限を持ち、「全員が襲撃者になり得る」ということを知っていた天願和夫会長がモニターの映像を仕組んだと断言する。 そして、極秘施設の建設に関係しておりこの事態に最初から気付かないはずがない未来機関副会長・希望ヶ峰学園の関係者や生徒（OB・一同の中に紛れている「裏切り者」を殺さない限り、毎晩1人が殺されていくという新たなルールで、希望の象徴たる未来機関同士の命を懸けたデスゲームが再び始まった。 そして、雪染が絶望的思想に染まっていたことなどを知った宗方が絶望殲滅という妄執に囚われていることを知った苗木は、自分は例え霧切が絶望的思想に染まったとしても霧切との出会いを後悔しない、今の雪染が絶望的思想に染まっていても、彼女との過去の全てを捨ててしまってはいけないと訴える。
自分の行動は全て無駄なのかと苦悩する苗木だったが、絶望的状況でも決して諦めない仲間たちの勇気によって自分を奮い立たせ、自分の手でゲームを壊すことを決める。宗方がNG行動により扉を開けないことを察していた苗木は、絶望の殲滅という名目で生存者の皆殺しを図る彼を扉の閉ざされた部屋の中に誘い込み、外に出て目的を果たしたいなら今は話を聞くようにと説得する。一方で、学園上層部が進めるプロジェクトや、才能なき学生に「希望ヶ峰学園」のブランドを売ることによる資金集めを目的として設立された予備学科の生徒と本科生徒の軋轢など、様々な問題が次第に学園を取り巻いていく。 その中心には、才能なき自分自身へのコンプレックスに苛まれる予備学科生・才能を磨いていることを確認する実技試験が主体の学園生活の中、日々の授業への出席義務がないためクラスメイトとの交流を持とうとしない77期生の姿を目の当たりにした雪染は77期生に青春の輝きに満ちた高校生活を送らせるために奮闘することとなる。
洗脳状態となり、霧切やかつての「コロシアイ学園生活」で犠牲となった78期生のクラスメイトたちの幻覚に追い詰められた苗木は拘束が解けてしまい自殺を図るが、バングルを手首ごと切断するという決死の手段を取った逆蔵によって阻止される。 しかし、それはやがて絶望に染まり世界を破滅に追いやることとなる希望ヶ峰学園77期生の新たな学園生活の始まりであった。第一作『ダンガンロンパ』の主人公である「超高校級の『幸運』」苗木誠らは、『スーパーダンガンロンパ2』において「超高校級の『絶望』」江ノ島盾子の手によって「絶望の残党」に堕ちた希望ヶ峰学園の77期生である15人の生徒を救い出そうと、独断で彼らを南洋の孤島「ジャバウォック島」に連れ出し、バーチャルリアリティーでの疑似体験によって人格の改善を行う更生プログラム「新世界プログラム」を受けさせた。人工知能「アルターエゴ」としてプログラム内に侵入した江ノ島盾子の妨害によりプログラムは「コロシアイ」を目的とした世界に変貌するが、生き残った77期生たちと協力して江ノ島を打ち破った苗木たちは、プログラムを脱した77期生たちを孤島に残して帰還した。自らが黒幕であることを明かす天願からのメッセージに衝撃を受けた御手洗は、自らがかつて江ノ島盾子の脅迫に屈し、人間を絶望的思想に染め上げる洗脳用映像・
サントス ユニフォーム絶望ビデオの開発に協力させられていたことと、その技術を転用して人間の負の感情を強制的に消し去り絶望的思想を根絶する「希望のビデオ」を制作していたことを明かす。 『絶対絶望少女』の一件から、現在は塔和シティに潜伏し、問題が解消され兄に迎えてもらう日を待っている。 2016年9月29日に、未来編と絶望編の完結編となる「希望編」を放送（シルエットには、苗木誠と日向の2人が映し出されている）。未来編と絶望編の2部作構成で製作された。 2010年（平成22年） 7月 – 組織再編を実施し、本社を東京・当初、未来編のみ2016年7月より放送予定と発表されたが、のちに絶望編も同年7月よりTOKYO MX、BS11、AT-Xにて放送と発表。
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